清洁太阳能热水器水垢的方法是，放掉水箱里的水，双手握住真空管来回旋转，使其松动，然后往水箱上推动，使其底部能够从底座出来，然后往下拽，这样就可以取出真空管，把真空管里的水倒掉，然后用清洁的水反复涮干净，这样依次将全部的真空管清洁干净后，往水箱里加自来水，使水箱里的水垢流出，再逐个将真空管安装好就可以了，安装时应检查水箱安装孔处的密封圈是否完好，如果有破损的情况，应更换新的密封圈。

另外，在使用过程中，应随往水箱里加水，尽量使水箱里的水温下降，最好不要超过75度，这样可减少水垢的产生。